労働基準法第24条では、「賃金は、通貨で、直接労働者に、その全額を支払わなければならない」と規定しています。
そして、賃金から控除して支払うことができるものは、次のいずれかに該当するものに限定しています。

1.所得税・地方住民税の源泉徴収や健康保険・厚生年金保険・雇用保険等の社会保険料
2.労働者の過半数で組織する労働組合との書面による労使協定があるもの
3.2の労働組合がない場合で、労働者の過半数を代表する者との書面による労使協定があるもの

つまり、健康保険料や厚生年金保険料、雇用保険料や所得税等は賃金から控除して支払うことができますが、食事代や駐車場代といったものを控除するには、「労使協定」の締結が必要になります。 

神奈川・相模原労働基準監督署では、監督指導で労使協定を締結しないまま賃金から食事代などを控除している事業場が多く見られたことから、注意喚起のリーフレットを作成しています。
リーフレットでは、違法な控除が見られる項目として、寮費、組合費、食事代、駐車場代、親睦会費、社内商品購入代金、会社貸付金の割賦金返済金、そのほか源泉徴収や社会保険料以外のもの、を挙げています。

控除に協定が必要なことを知らず、違法になっているケースもあるため、今一度確認しましょう。

こちらもご参考ください。 
参考：賃金控除に関する労使協定を締結していますか？
https://jsite.mhlw.go.jp/kanagawa-roudoukyoku/content/contents/002230320.pdf